تصور میشود که این بیماریها تا حدی از اختلالاتی در نحوه تجزیه مواد غذایی توسط میکروبیوم به وجود میآیند. به عنوان مثال، بیماری سلیاک با کاهش توانایی میکروبیوم روده کوچک در هضم گلوتن همراه است. سندرم روده تحریک پذیر و رشد بیش از حد باکتری روده کوچک رابطه معکوس دارند: توانایی میکروبیوم روده کوچک برای تخمیر بیش از حد فیبر و قندها.