محل دفن دقیق پیکر مطهر حضرت فاطمه زهرا (س) همچنان یکی از سوالات حل نشده و مهم تاریخ اسلام است. بررسی متون، گزارش‌های تاریخی و روایی نشان می‌دهد که سه مکان «خانه ایشان»، «منطقه روضه نبوی» و «قبرستان بقیع» عمده‌ترین مناطقی هستند که به‌عنوان مکان‌های احتمالی برای بقعه پیامبر اکرم پیشنهاد شده‌اند.
یکی از جنبه های کلیدی این مراسم بحث دفن شبانه است. درباره پیدایش این دفن در شب، در معتبرترین منابع اهل سنت از جمله کتاب «صحیح بخاری» گزارش صریح وجود دارد که تأکید می کند امام علی (ع) پیکر پیامبر را شبانه دفن کرد و ابوبکر را از این مراسم آگاه نکرد. اما ثبت این رویداد به تنهایی علت آن را روشن نمی کند و منجر به شکل گیری تحلیل های متفاوتی شده است.
در سنت و دیدگاه شیعه، این اقدام ارتباط مستقیمی با نارضایتی حضرت زهرا(س) از حوادث پس از رحلت پیامبر اکرم(ص) و اراده صریح ایشان مبنی بر مخفی نگه داشتن قبر آن حضرت دارد. از سوی دیگر، برخی از مفسران اهل سنت دلیل این دفن شبانه را به مسائلی از جمله رعایت پوشش و حریم شخصی مربوط می دانند.
در مورد محل دقیق قبر، روایتی از امام رضا (علیه السلام) در کتاب «کافی» نقل شده است که به صراحت محل دفن را «خانه پیامبر» معرفی می کند; خانه ای که سال ها بعد در زمان توسعه مسجد النبی در دوره بنی امیه در محوطه مسجد قرار گرفت. با وجود طراحی این اسناد تاریخی، تفاوت گزارش ها و لزوم بررسی دقیق اعتبار اسنادی آنها همچنان مانع از تعیین قطعی و قطعی محل قبر وی در تاریخ می شود.