سید محمدصدر قبل از پیروزی انقلاب اسلامی مدیر یک داروخانه در ساوه بود. وی پس از پیروزی انقلاب در همان داروخانه مشغول به کار بود که محمدعلی رجایی (نخست وزیر وقت) اعلام کرد که به تعدادی از نیروهای سیاسی مسلمان در نخست وزیری نیاز است. در این حکم به عنوان مشاور سیاسی شهید رجایی مشغول به کار شد.
در آن روزها چون بین ابوالحسن بنی صدر (رئیس جمهور وقت) و شهید رجایی بر سر سه وزارتخانه «خارجه»، «تجارت» و «اقتصاد» توافقی صورت نگرفت، نظارت بر این سه وزارتخانه به شهید رجایی سپرده شد. شهید رجایی همچنین از سید محمدصدر خواست تا برای ساماندهی وضعیت وزارت امور خارجه و بازگشت به سمت نخست وزیری پس از 6 ماه به وی کمک کند. اما از خرداد 1360 که شهید رجایی به شهادت رسید، صدر تا سال 64 در وزارت امور خارجه ماند و در سال 1371 به وزارت امور خارجه بازگشت.
صدر با کیومرث صابری فومنی (گل آقا) در روابط عمومی نخست وزیری کار می کرد و در خاطرات خود با اشاره به صابری فومنی و حضور وی در نخست وزیری از ارتباط این چهره رسانه ای و مطبوعاتی ایرانی با شهید می گوید. قدمت رجایی به قبل از انقلاب و زمانی که هر دو معلم و مربی بودند برمی گردد. هم شهید رجایی و هم گل آقا زمانی معلم هنرستان کارآموز محله نارمک بودند.
در بخشی از خاطرات سید محمدصدر که مربوط به شهید رجایی است مطالبی درباره دشمنی و کینه بنی صدر نسبت به شهید رجایی آمده است. از جمله اینکه در جلسات پشت به شهید رجایی می نشست. صدر می گوید: «بدتر از خود بنی صدر روزنامه اش بود با عنوان «انقلاب اسلامی» که نویسنده ای به نام حسین نواب صفوی داشت، خدا می داند چه فحش ها و ناسزاهایی به شهید رجایی کرد. ادامه بی احترامی ها و توهین های بنی صدر و روزنامه انقلاب اسلامی به شهید رجایی باعث شد تا جانشین صبری فومنی نامه ای خطاب به بنی صدر یا نواب صفوی بنویسد و نسبت به حرمت قلم هشدار دهد.