شبکه آی فیلم چند ماهی است که سریال «پایتخت» را روی آنتن می برد. در حال حاضر قسمت های پایانی فصل پنجم روی آنتن می رود و انتظار می رفت این شبکه بلافاصله فصل ششم آن را مصادف با ماه مبارک رمضان پخش کند. اما طبق اخبار دریافتی، این فصل همچنان اجازه پخش ندارد و پس از فصل پنجم، شبکه آی فیلم فصل هفتم را در ماه مبارک رمضان روی آنتن می برد.
در سال 2019، آی فیلم از پخش فصل ششم پایتخت خودداری کرد. در آن سال پایتخت از فصل اول روی آنتن رفت و پس از پایان فصل پنجم، شبکه آی فیلم به بهانه تولید نشدن قسمت های پایانی فصل ششم، نیمه باقی مانده این فصل را پخش نکرد.
فصل ششم پایتخت برای پخش در نوروز 99 آماده شد، اما ساخت قسمتهای آن با شروع همهگیری کرونا مصادف شد و تولید آن به نیمه رسید. 12 قسمت از این سریال که آماده پخش بود در نوروز 1398 پخش شد و در پایان قسمت دوازدهم با بهبود شرایط اعلام شد که قسمت های پایانی آن نیز تولید خواهد شد. اما پس از پخش این فصل به دلیل انتقاد شدید رسانه های اصولگرا از محتوای سریال، مسئولان وقت سازمان صدا و سیما با محسن تنابنده و سیروس مقدم اختلاف نظر جدی پیدا کردند. تاجایی مرتضی میرباقری، معاون وقت سیما نیز مشکلات محتوایی سریال را ناشی از جریان ستون پنجم فرهنگی دانست.
سرانجام پس از کش و قوس های فراوان، تصمیم گرفته شد که گروه سازنده سریال «پایتخت» به دلیل تهدیدی که برای سازمان داشتند، قسمت های آخر فصل ششم را تولید کنند. این قسمت ها در زمستان 1388 جلوی دوربین رفتند و قرار بود در شب های منتهی به سال 1393 از شبکه یک پخش شوند و این شبکه یک هفته مانده به پایان سال پخش خلاصه ای از فصل ششم را در زمانی خارج از باکس اصلی سریال ایرانی آغاز کرد و در دو شب آخر سال 1398 قسمت جدید این فصل را روی آنتن برد.
پس از پخش خلاصه فصل ششم و قسمت های پایانی این فصل، در آستانه نوروز 1400، پایتخت 6 رنگ دیگر روی آنتن ندید و حتی در بازه ای از زمان در آرشیو تلویزیون قرار نگرفت.