سیدعلی سیستانی گفت: ما این جنگ ظالمانه را به شدیدترین الفاظ محکوم می کنیم. از همه مسلمانان و آزادگان جهان میخواهیم آن را محکوم کرده و با ملتهای مظلوم ایران و لبنان ابراز همبستگی کنند.
در خطبه های عید سعید فطر در حرم مطهر امام حسین علیه السلام و کاظمین علیه السلام بیانیه ای از سوی دفتر آیت الله العظمی سیستانی حاوی توصیه های مرجع عالیقدر شیعه در خصوص مسائل منطقه قرائت شد:
متن این بیانیه به شرح زیر است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
ای مردان و زنان با ایمان، عید سعید فطر، عید رحمت و مغفرت، پس از یک ماه پربرکت روزه و شب بیداری و اقامه نماز بر ما فرود آمد. این روز، روز پاداش های الهی است; روزی که خداوند تو را بر فرشتگانش ستایش خواهد کرد. پس قبولی عمل شما را تبریک می گویم و از خداوند می خواهم که این عید را به ما و شما و کل امت اسلامی با خیر و برکت برگرداند.
عزیزان، هر چند عید سرشار از شادی و سرور است، اما امروز دلهای مؤمنان از غم پاره می شود، وقتی می بینند چه بلاها و بلاهایی بر برادران دینی و انسانی ما وارد شده است. در حالی که ما شادمانه عنایات الهی را می ستاییم، فریاد کودکان بلند است، اشک مادران داغدار سرازیر می شود و شعله های آتش بر فراز خانه های امن ایران و لبنان می سوزد و تهاجم نظامی به این دو. [کشور] ادامه دارد
ما این جنگ ظالمانه را به شدیدترین الفاظ محکوم می کنیم و از همه مسلمانان و آزادگان جهان می خواهیم که آن را محکوم کرده و با ملت های مظلوم ایران و لبنان ابراز همبستگی کنند. همچنین از همه طرفهای موثر بینالمللی و کشورهای جهان بهویژه کشورهای اسلامی میخواهیم تمام تلاش خود را برای توقف این جنگ انجام دهند.
خدایا ما با دعا به سوی تو روی می آوریم و تو شنونده دعایی.
خدایا مردان و زنان با ایمان را در هر کجا که هستند حفظ کن و بلا را از آنان دور کن و سخنانشان را به حق وصل کن.
خدایا ما شهدای جان خود را که در راه دفاع از سرزمینشان فدا کردند به تو می سپاریم و آنها را در درجات عالی نزد پیامبران و صالحان قرار ده.
خدایا به خانواده هایشان صبر و آرامش عطا کن و بر زخم هایشان شفا بده و اسیرانشان را آزاد کن.
خدایا در همه جا از مردم ما حمایت کن و آنها را بر ظالمان پیروز گردان.
ای مؤمنان، ایمان فقط اقرار و اعتقاد نیست، عمل صالح و همدردی و یاری است. در این شرایط سخت که مصائب بیشتر شده و نیازهای مجروحان و آواره ها افزایش یافته است، وظیفه دینی و انسانی ما ایجاب می کند که دست یاری به سوی برادران مصیبت دیده خود دراز کنیم.
مرجع عالیقدر استفاده از حقوق شرعی را برای کاهش رنج قربانیان در ایران و لبنان مجاز دانسته است. این کار باید از راه های مورد اعتماد مانند دفاتر عالی انجام شود و اگر شخصی شخصاً بداند چه چیزی لازم است می تواند مستقیماً اقدام کند.
عزیزان عید فرصتی است برای تجدید عهد با خدا و گذشت و آشتی و رسیدگی به فقرا و نیازمندان.
و گرچه دلهای ما از آنچه در اطراف ما می گذرد محزون است، اما رحمت خدا گسترده و گشایش او نزدیک است و اگر شکیبا باشید و تقوا پیشه کنید، قطعاً یاری او خواهد آمد».